Eugeniusz Kwiatkowski urodził się 30 grudnia 1888 r. w Krakowie. Jego matka Wincentyna z domu Maszczyńska (1864-1952) była rodowitą krakowianką. Ojciec Jan (1841-1902), z wykształcenia prawnik, pracował jako urzędnik w dyrekcji kolei krakowskich. Pochodził z okolic Stanisławowa, gdzie rodzice posiadali dwa majątki: Tyśmienicze i Czernichowce. Ze względu na udział w powstaniu styczniowym, chcąc uniknąć represji, wyjechał na kilka lat do Włoch. Po powrocie do kraju osiadł w Krakowie. W1890 r. postanowił opuścić wraz z rodziną to miasto, by przejąć niewielki i poważnie zadłużony majątek w Czernichow-cach. Składał się on z parterowego dworku otoczonego starymi drzewami oraz z ponad 200 ha ziemi uprawnej, lasów i nieużytków; leżał pod Zbarażem - małą mieściną wschodnio galicyjską, bogatą w tradycje historyczne. Tam Eugeniusz wraz ze starszym o dwa lata bratem i młodszymi dwiema siostrami spędził młode lata.