Shinra i pozostali natrafiają na dowody podważające prawdziwość oficjalnej narracji o Amaterasu i treść Świętej Księgi. Zaczynają podejrzewać istnienie powiązań między kościołem a Ewangelistą, jednak ze względu na swoją sytuację nie mogą zbadać tej sprawy. Zamiast tego na zwiad udają się Benimaru i Jaker! Na miejscu mierzą się z niebezpiecznymi zabójcami i prawdą, która może zatrząść Cesarstwem Tokijskim u jego fundamentów! W tym samym czasie Shinra i pozostali wyruszają na śledztwo w korporacji, która sprawuje kontrolę nad krajem. Rozpoczyna się nowy rozdział historii, w której bohaterowie stawiają czoła religii i kapitałowi stanowiącymi dwie podpory Cesarstwa!