W podręczniku KlikPlik 3 wyodrębniono następujące działy:

Nasze ważne sprawy: przypominamy zasady pracy z komputerem, uczymy podstawowych terminów.
Liczymy: pokazujemy, jak komputer może pomóc i uatrakcyjnić naukę liczenia.
Rysujemy: rozwijamy wrażliwość dzieci na otaczający świat.
Podróżujemy: wpajamy zasady i dobre nawyki podczas korzystania z Internetu, polecamy strony WWW z certyfikatem strony bezpieczne dzieciom.
Piszemy: podpowiadamy, jak ukierunkowana zabawa może pomagać w nauce pisania i czytania.
Dbamy o siebie i innych: pokazujemy jak dbać o siebie, naszych bliskich oraz otaczające nas środowisko.
Ważne wydarzenia: proponujemy lekcje okolicznościowe, uczymy, jak celebrować domowe i szkolne uroczystości.
Projektowo, Turniejowo, Konkursowo: motywujemy do pracy, zachęcamy do zdrowej rywalizacji.

Na płycie CD zamieszczono: około 50 edukacyjnych zabaw interaktywnych, prezentacje (m.in. Jak przenieść pliki do folderu, Kurs rysowania kota, Zwierzaki dziwaki, Utwórz swój kalendarz), wiersze, nagrania (m.in. Relacja z meczu, Bajka o Helence, która nie mogła zasnąć), pliki ćwiczeniowe (m.in. Na Mazurach, Koty moich sąsiadów, Ważne komunikaty), testy, krzyżówki i quizy (m.in. Ekspert od Świąt, Komputerowa rymowanka).