Ze względu na fałszywe oskarżenia ks. Dolindo Ruotolo został postawiony w 1921 roku przed Świętym Oficjum w Rzymie. Tam spędził prawie rok, by odpowiadać na postawione mu zarzuty i bronić swojego dobrego imienia. W tym czasie pisał listy do swoich duchowych dzieci na polecenie swojego spowiednika. W swojej korespondencji zachęcał ich do wytrwania w wierze i wierności Kościołowi, do nie gorszenia się błędami, jakie mogą popełnić niektórzy członkowie Kościoła oraz do zobaczenia Bożego działania we wszelkich cierpieniach i upokorzeniach jakich doświadczał. Okoliczności, które u większości ludzi wzbudziłyby bunt lub desperację, w przypadku księdza Dolindo tylko umocniły jego ścisłe zjednoczenie z cierpiącym Chrystusem. Jak Chrystusowi, było mu dane zaznać goryczy ludzkiego niezrozumienia oraz zdrady dokonanej przez osoby duchowo przez niego błogosławione.

Pomimo tych doświadczeń kapłan nie przypisał sobie prawa do sądzenia ludzi będących przyczyną jego cierpień ale dziękował Panu za nie. Cierpiał dobrowolnie, aby dać świadectwo wierności, by uczyć jak się kocha Kościół, by przyjmować z męską dojrzałością i mistyczną wzniosłością każdą karę i upokorzenia, które w jakikolwiek sposób związane są z Kościołem… Ksiądz Dolindo swoim duszpasterstwem wyprzedzał swoją epokę i był zapowiedzią nowych czasów. Głosił i przewidział wielkie innowacje w Kościele, które dokonały się wraz z Soborem Watykańskim II.