2 czerwca 1886 roku do księgi metrykalnej wpisane zostaje „niemowlęcie płci żeńskiej” urodzone w Warszawie 26 maja. „Opóźnienie sporządzenia aktu nastąpiło wskutek niedbalstwa rodziców”.
Już ustalenie jej pochodzenia okazało się ogromnym wyzwaniem. W historii jej rodziny więcej jest znaków zapytania niż faktów. Nie wiadomo nawet, od kiedy rodzina zaczęła używać nazwiska Wilczyńscy.
Jej warszawskie adresy: Świętojerska 16, Franciszkańska 2, Krochmalna 92 – niby istnieją, ale ulice biegną inaczej, a domy już dawno zniknęły. Wychowankowie zapamiętali, że była bezszelestna, pojawiała się nieoczekiwanie i tak samo znikała. I być może z tego samego powodu o niej zapomniano – zniknęła w cieniu Janusza Korczaka.
Emmanuel Ringelblum zapisał: „Współpracowali ze sobą przez całe życie. Nawet śmierć ich nie rozłączyła. Poszli razem na śmierć. Wszystko, co związane jest z osobą Korczaka – internat, propagowanie miłości do dzieci – wszystko jest wspólnym dorobkiem obojga”. W książce Magdaleny Kicińskiej Stefania Wilczyńska wraca na swoje miejsce.