Do najważniejszych gospodarczo chorób cebuli należą: mączniak rzekomy cebuli, alternarioza oraz choroby odglebowe, a szczególnie – fuzaryjna zgnilizna cebuli, biała zgnilizna, różowa zgnilizna korzeni cebuli i pora oraz głownia cebuli. Nowym i poważnym zagrożeniem ostatnich kilku lat są bakteriozy.

Podstawową metodą zapobiegania i zwalczania chorób cebuli jest zintegrowana metoda ochrony polegająca na kompleksowym stosowaniu różnych metod chemicznych i zabiegów agrotechnicznych takich, jak przedsiewne zaprawianie nasion, przestrzeganie elementarnych zasad zmianowania – bezwględne unikanie uprawy cebuli w monokulturze oraz na glebach zakażonych chorobami i szkodnikami glebowymi.

Na plantacjach cebuli powszechnie i corocznie występuje kilka gatunków szkodników – śmietka cebulanka, udnica cebulówka, wgryzka szczypiorka, wciornastek tytoniowiec, chowacz szczypiorak, rolnice i niszczyk zjadliwy. Do podstawowych szkodników czosnku należą z kolei – błotniszka czosnkówka, niszczyk zjadliwy, wciornastek tytoniowiec. Por natomiast jest najczęściej uszkadzany przez wciornastka tytoniowca, wgryzkę szczypiorkę i miniarkę porówkę.