Ochrona warzyw strączkowych przebiega zależnie od przeznaczenia. Groch na zielono, fasola szparagowa oraz bób przeznaczone do przetwórstwa wymagają zabiegów ochronnych tylko do czasu kwitnienia, praktycznie ograniczających się do zaprawiania nasion. Natomiast te warzywa uprawiane na suche nasiona muszą być chronione w okresie formowania i dojrzewania strąków.

Do najważniejszych chorób fasoli zalicza się bakteriozę, szarą pleśń i rdzę, a grochu – askochytozę, mączniaka rzekomego i mączniaka prawdziwego oraz rdzę. Ze szkodników fasoli i grochu oraz bobu największe szkody wyrządzają śmietki, mszyce, strąkowce oraz zmienik lucernowiec i oprzędzik pręgowany.