Obszerna księga XIII Biblioteki Historycznej obejmuje zaledwie jedenaście lat (415-404 przed Chr.), ale jest to okres niezwykle ważny, obfity w wydarzenia, które ostatecznie doprowadziły do klęski Aten. Stąd też tytuł, nadany tej księdze: Klęska Ateńczyków (De clade Atheniensium). Jej znamiona to przede wszystkim wielka wyprawa na Sycylię (415-413), największa operacja Aten w okresie wojny peloponeskiej, zakończona katastrofą, układ persko-spartański (411), dzięki któremu Spartanie zagwarantowali sobie pomoc finansową i dyplomatyczną Wielkiego Króla i w ostateczności zwycięstwo, postępujący demontaż Związku Morskiego, co stawiało Ateny coraz bardziej na pozycji przegrywającego, przewrót polityczny w Atenach (chwilowe dojście do władzy oligarchii, Rada Czterystu), wreszcie klęska pod Ajgospotamoj (405), która przesądziła o wyniku wojny. Na Sycylii natomiast nastąpił powrót tyranii w Syrakuzach (Dionizjusz I), co umożliwiła zarówno ateńska wyprawa na wyspę, jak i inwazja wojsk kartagińskich, notabene najpełniej zrelacjonowana przez Diodora. To wtedy bezpowrotnie zniszczone zostało jedno z najwspanialszych miast greckich, Akragas (Agrigentum). Przy tej okazji Diodor przekazał nam jedyny w swoim rodzaju opis świątyni Zeusa, zburzonej przez Kartagińczyków. W roku 404 Ateny skapitulowały. Przy pisaniu tej księgi Diodor wykorzystał, jeśli chodzi o Grecję i basen Morza Egejskiego, przede wszystkim przekaz Efora, dla wydarzeń na Sycylii natomiast innego historyka –Timajosa. Przekładu księgi XIII dokonał prof. Romuald Turasiewicz, na krótko przed śmiercią (2005).