Niesłusznie skazany za krwawy zamach Kimball O'Hara wciąż chce dowieść swojej niewinności. Lecz dokumenty, które mogły mu w tym pomóc, na zawsze przepadły w otchłani oceanu.
Tymczasem wojna pomiędzy Koroną Brytyjską i carem Rosji zdaje się nieunikniona. Na pokładzie Nautilusa jest jednak ktoś, kto cieszy się z takiego obrotu spraw – kierowany pragnieniem zemsty kapitan Nemo. Stojąc za sterami swojego niezatapialnego okrętu, atakuje angielską flotę. Jaya, która pracuje dla Korony, musi za wszelką cenę znaleźć sposób, by go powstrzymać. Z kolei Kim chce zapobiec krwawemu konfliktowi, który najpewniej pochłonie tysiące ofiar. Zmuszona do sojuszu przeciwko zagrożeniu, jakie stanowi Nemo, dwójka bohaterów przygotowuje śmiały plan: przejęcie rosyjskiego okrętu podwodnego generała Ostrowa, żeby zwabić Nautilusa. Toczony na planszach komiksu wyścig ma znaczenie na skalę światową...
Czy Kimowi uda się uniknąć ofiar cywilnych i ponownie zobaczyć syna? Czy już zawsze będzie uważany za zdrajcę? „Dziedzictwo kapitana Nemo" to ostatni tom przygodowej trylogii z wątkami szpiegowskimi.