Korczak podczas wojny z oddaniem zabiegał o dobro swoich podopiecznych, a jeszcze starał się ratować kolejny dom dziecka, w którym panowały wyjątkowo ciężkie warunki. Pamiętnik przedstawia nie tylko bieżące wydarzenia z życia Domu Sierot i warszawskiego getta, Korczak dokonuje w nim także przeglądu swojego życia, wraca do czasów dzieciństwa i młodości. Najbardziej wstrząsające są ostatnie refleksje Korczaka, który wie już, że wysiedlenie z getta jest nieuchronne.
Pamiętnik to lektura pełna emocji, strachu, wspomnień. Ukazuje wychowawcę i pisarza, który dzielnie zmaga się z okrucieństwem losu, ale też ukrywa przed światem własne słabości. Na pozostałe teksty zamieszczone w książce składają się m.in. rozmyślania pesachowe, wspomnienia, przypowieści, teksty do gazetki Domu Sierot, zapiski o Głównym Domu Schronienia, sprawozdania wychowawcze i gospodarcze, listy do Adama Czerniakowa, przyjaciół, księdza, do piekarzowej.
Z tych pism wyłania się obraz wnikliwego, wrażliwego na krzywdę obserwatora codzienności i opiekuna do głębi przejętego losem tych, za których czuł się odpowiedzialny. Pisanie Pamiętnika Janusz Korczak rozpoczął w maju 1942 roku. Ostatnia notatka pochodzi z 4 sierpnia. Następnego dnia poszedł ze współpracownikami i z dziećmi na Umschlagplatz, skąd trafili do Treblinki.