Parafia p.w. Św. Anny w została erygowana w roku 1420 wraz z nadaniem przez króla Władysława Jagiełłę praw miejskich Krajence. W XVI w. właściciele miasta opowiedzieli się po stronie reformacji. Ponowne erygowanie parafii miało miejsce w 1693 r. Po zniszczeniu na skutek pożaru drewnianego kościoła parafialnego w 1774r. Anna Sułkowska przebudowała na kościół zachowany zachodni dom mieszkalny zrujnowanego zamku w Krajence. W ten sposób powstał eklektyczny kościół jednonawowy. Podczas zaborów ostoją polskości w miasteczku stało się Polsko-Katolickie Towarzystwo Robotników Polskich, założone przez Wacława Frankowskiego, a od 1931 roku miejscowa szkoła polska. Do 1821 roku parafia znajdował się w Archidiecezji Gnieźnieńskiej, następnie w Diecezji Chełmińskiej. Po zakończeniu I wojny światowej znalazła się w Wolnej Prałaturze Pilskiej. Po II wojnie światowej w Administraturze Gorzowskiej, a w latach 1972 - 2004 w Diecezji Koszalińsko-Kołobrzeskiej.